10 lipca 1941 roku, kilkanaście dni po wycofaniu się wojsk radzieckich i zajęciu miasta przez Niemców, około godziny 10 polscy mieszkańcy Jedwabnego i okolicznych miejscowości zaczęli spędzać Żydów z miasteczka na rynek. Tam bili ich i upokarzali, a kilku zabili. Spośród zebranych wyselekcjonowali kilkadziesiąt osób, w tym rabina Awigdora Białostockiego, i zmusili ich do zniszczenia pomnika Lenina znajdującego się przy ul. Dwornej. Następnie grupę tę zaprowadzili za miasto, zamordowali i zakopali wraz z popiersiem Lenina w przygotowanym wcześniej dole wewnątrz stodoły Śleszyńskiego. Później pozostałych na rynku kilkuset Żydów zapędzili do tej samej stodoły, którą oblali naftą i podpalili.

Zbrodni dokonało kilkudziesięciu mieszkańców Jedwabnego i okolic, a wielu innych było świadkami tych zajść. W miasteczku przebywali również uzbrojeni Niemcy. Obserwowali wydarzenia, najprawdopodobniej je zainspirowali zgodnie z dyrektywą Reinharda Heydricha o zachęcaniu ludności na nowo zajmowanych terenach do antyżydowskich pogromów, ale ich udział był ograniczony.