Nagrody w Konkursie im. Jana Józefa Lipskiego są skromne. Ich wysokość zależy od kwoty dostępnej w kolejnej edycji konkursu. Są to nagrody regulaminowe oraz nagrody specjalne, przyznawane stale lub w niektórych edycjach, których fundatorzy chcą wyróżnić prace o określonej tematyce:

• Nagroda za pracę podejmującą problematykę historii Żydów i Zagłady, przyznawana okresowo;

• Nagroda im. Jacka Kuronia, przyznawana od 2006 roku (XI edycja);

• Nagroda im. Gai Kuroniowej za prace z psychologii dotyczące społecznych barier w relacjach międzyludzkich (takich jak dyskryminacja, wykluczenie, uprzedzenia) i możliwości ich przezwyciężania, przyznawana od 2008 roku

• Nagroda Ministra Edukacji Narodowej, przyznawana okresowo.

• Nagroda Prezydenta m.st. Warszawy, za prace związane z historią i dniem dzisiejszym Warszawy, przyznawana okresowo;
• Nagroda im. Joanny Wiszniewicz, przyznawana od 2009 roku (XV edycja);

• Nagroda rzeczowa Redakcji „Zeszytów Literackich”, którą otrzymują wszyscy laureaci.

Finansowanie pierwszych sześciu edycji Konkursu było możliwe dzięki wpłatom inicjatorów Konkursu i przyjaciół jego Patrona. Głównym sponsorem VII, VIII, IX i X edycji Konkursu stała się Fundacja im. Stefana Batorego, przyznając na cztery lata dotację w wys. 15.000 PLN rocznie w całości przeznaczaną na nagrody regulaminowe. Stałym sponsorem Konkursu jest również Bank Inicjatyw Społeczno - Ekonomicznych BISE. W przeszłości nagrody specjalne były fundowane również przez waszyngtońskie Muzeum Holokaustu, Prezydenta m.st. Warszawy, Ministra Edukacji Narodowej, Zbigniewa Bujaka.

29 października 2008 roku otworzyliśmy specjalne konto : Fundusz Nagród Konkursu im. J.J.Lipskiego. Stale poszukujemy poważnych sponsorów. Nie rezygnujemy jednak z indywidualnych wpłat, z których finansowane były pierwsze nagrody. Marzymy o tym, by wciąż rosnące grono przyjaciół Konkursu miało swoje cegiełki w Funduszu.

Przyłącz się do nas! Udziel poparcia młodym absolwentom! Są wśród nich przyszli wybitni uczeni. Wpłać na Fundusz Nagród: